「朝日新聞」報道，日本政府經由調查確認，北韓最高領導人金正日親自指揮的情報機構，可能親自下令綁架日人，他至少知道綁票計畫。

        調查顯示，金正日直接指揮負責計畫和實行綁架日人行動的勞動省對外情報調查部。1970年代至1980年代初，日本民眾遭到北韓綁架，當時的對外情報調查部是身為已故領導人金日成接班人的金正日的直屬機構。

        調查顯示，對外情報調查部在舉行命令轉達式時，都以「親愛的將軍，金正日同志有下列的指示」為開場白，接著才以口頭或文件說明具體的內容。

        日本前首相小泉純一郎於2002年9月訪問平壤和金正日會談時，金正日曾就北韓綁架日人一事道歉，但否認與此事有關，指出是特殊機構部份人員的輕舉妄動並已處罰負責人員。