在台灣，放寬美國牛肉入口決策引發爭議。台灣總統馬英九29日指出，放寬入口美國帶骨牛肉與內臟、絞肉，當局會在保證民眾健康與參與國際社會之間找到平衡點。此時若能由業者把關，政府就不需重啟協商，避免國際信用受損。

        馬英九強調，美方做到源頭管理，政府做好邊境管理，這是政府敢於進口美國牛肉最重要的理由。目前業者與民間自主性的行動，政府表示尊重，而且這不違反台美簽訂的議定書。整個機制來看，政府已經盡了最大努力，比起過去的民進黨政府，嚴謹太多。

        而台灣的行政院長吳敦義29日表示，美國牛絞肉、內臟不會出現在台灣市面。至於若有人申請進口，他指，台灣的行政院衛生署會依相關法律審查，「不同意他們進口」。