香港今日與日本就收入避免雙重徵稅及防止逃稅簽訂協定。

        全面性協定闡明協定雙方的徵稅權及不同的被動收入的稅率寬免。這會有助投資者更有效地評估其跨境經濟活動的潛在稅務負擔，加強兩地的經濟貿易連繫，以及進一步鼓勵日本及香港公司在彼此地方營商或投資。

        在沒有該協定的情況下，香港的公司從日本設立的常設機構（例如銷售點）所得的利潤，如果源自香港，可能須在兩地課稅。在該協定下，這些公司在日本所繳納的稅款，將可以根據香港的稅務法例從香港所徵收的相關稅項中抵免，從而避免雙重徵稅。

        在沒有該協定的情況下，香港居民若在日本收取股息收入，而該等股息收入並非源於在當地所設的常設機構，現時須向日本繳交２０％的預扣稅。在該協定下，若收款人為公司，而直接或間接持有支付股息公司最少１０％的表決權股份六個月，有關預扣稅率會降至５％，其他情況下的預扣稅率則會降至１０％。此外，香港居民現時於日本收取的特許權使用費須在日本繳交２０％的預扣稅。在該協定下，有關的特許權使用費預扣稅率會以５％為上限。日本向香港居民徵收的利息預扣稅率會由現時的２０％降至１０％。

        在該協定下，香港的航空公司經營往日本的航線，只需就有關利潤按香港稅率（比日本的稅率為低）繳納香港利得稅，而無須在日本繳稅。現時香港居民從日本國際航運收入賺取的利潤，須在該國課稅。在該協定下，日本將豁免香港居民航運收入的稅項。

        香港與日本的全面性協定採用了經濟合作與發展組織的最新資料交換準則。香港與日本的全面性協定將待雙方完成有關的批准程序後開始生效。