中日釣魚台海域撞船事件，未有因日本釋放中國漁船船長詹其雄後而平息。對此，台灣的行政院院長吳敦義強調，台灣對釣魚台一定要捍衛主權，以確保漁民到當地得到應有保護，不受任何屈辱。

        吳敦義亦表示，1990年高雄市舉辦區運會時，他是當時的市長，確實主張區運會聖火應該繞行釣魚台，但執政的李登輝要求他改派秘書長前往，才讓他無法親自前往。

        吳敦義強調，政府一向強力主張，釣魚台是台灣省宜蘭縣頭城鎮大溪里，是「中華民國」領土，雖然目前有不同國家聲稱也有主權，但在國際上有爭議，而這爭議需要妥善處理。

        他也舉這次保釣來說，海巡署派了12船艦保護漁船前往，遇到日本艦艇喊話，海巡署的艦艇也跟著喊話，日本艦艇噴水，海巡署的艦艇也噴水，絕不受讓主權及國人受到屈辱。

        吳敦義強調，政府會在適當時機，強而有力的宣示釣魚台主權，保障漁民權益，但也不宜將釣魚台問題，輕率的弄到不可收拾。對立委建議登島，吳敦義表示，會審慎考量。