在槍手挾持人質期間一直沒有露面的菲律賓總統阿基諾三世，在事件以血腥收場後，於周二凌晨時分才召開記者會。他對被殺的香港遊客表示哀悼，又對死難者的家人和傷者致以慰問，但他同時「死撐」，為警方和特種部隊辯護，又埋怨傳媒整天直播整件事的過程，令到旅遊巴士上的槍手對警方的部署瞭如指掌，間接令到突擊行動失敗。

        阿基諾三世表示：「菲律賓政府會對這宗慘劇進行全面調查。我們和其他菲律賓人民一樣，對在事件中喪失生命的受害人，致以最深切的哀悼。菲律賓外交部長已經向中華人民共和國外長和香港市民，表達我們的深切悲痛。」

        對於外界批評菲律賓警方的處理手法不當、以及特種部隊的表現差勁，阿基諾三世作出辯護。他說，警方已經盡了最大努力，無人可以保證突擊行動一定成功。不過，當有記者問他是否對警方的表現感到滿意時，他回答道：「有些人質被殺掉，怎可能滿意？」

        他並批評媒體全程直播挾持人質事件，讓槍手洞悉警方的部署。

        阿基諾三世又說，當局初時相信槍手會投降，而槍手的確有釋放部分人質，包括老人家和小孩子，無跡象顯示他會傷害自己或任何人，但入夜之後，情況急轉直下，事態轉變得很快。

        他事後曾到康泰旅行團被挾持事件現場了解情況，期間發表聲明，向事件死難者的家屬致以深切慰問，並下令內政部和司法部官員徹查事件。

        他又要求為事件的生還者提供一切所需的協助，又指示有關官員與香港當局全面合作。