今次法航客機在大西洋上空的雷暴氣流區出事，留有許多未解疑團。原來在法航客機失蹤前約半小時，先後有兩架由南美飛往歐洲的德國漢莎航空公司客機順利穿越同一區域，並沒有事故發生。這令到專家質疑天氣惡劣是否造成客機失事的主要原因。另外，法航一名前機師猜測，失事客機可能和一架軍機或毒販的飛機相撞。法國國防部長莫蘭則指出，暫時未有發現可能導致客機失事的任何證據。

        雖然有關當局較早時已排除是恐怖襲擊，但莫蘭說：「我們不能排除任何可能性，包括恐怖襲擊，因為恐怖襲擊一直是西方民主的主要威脅。」但他指出，重要的是，暫時未有恐怖組織承認責任。

        法航前機師馬尼耶說，該架客機可能撞到一架軍機或一架毒販的飛機。馬尼耶指任何事都有機會發生，可能和這些飛機相撞後，並沒有收到有人失蹤報告。

        世界氣象組織則透露，法航客機失蹤前約半小時，曾有兩班由南美飛往歐洲的漢莎航班穿越同一區域，但沒有發生事故。該組織指該兩架漢莎客機或紀錄了現場的溫度及風速。

        在周一，有消息人士說，該兩架漢莎客機是在法航出事前後飛入同一區域，但結果安然無恙，令到專家質疑天氣是否在今次空難扮演主要角色。