立法會政府帳目委員會認為東亞運的預算開支遠超出實際開支感到震驚，認為民政事務局難辭其咎。民政事務局否認東亞運超支，並強調把1000萬元贊助捐予兩個運動員基金合法、合情和合理。

        民政事務局發言人表示，06年1月向立法會財委會提交的撥款申請，估計營運東亞運的總開支和收入分別為2.4億元及1.17億元，故向財委會申請撥款1.23億元。有關的財政預算是根據當時所得資料作出力求準確的估算，並獲財委會通過。

        發言人續說，東亞運結束後的核算顯示，實際營運開支為2.911億元，收入增至1.8億元，最終實際營運開支1.11億元，低於財委會批准的1.23億元撥款，錄得盈餘1190萬元，因此並未超出財委會批准的撥款總額。

        發言人強調，所有開支均為實際所需，超出預算的項目全由東亞運公司透過贊助、門票收入及發售紀念品等籌集所需款項。當局一直按照審慎理財、量入為出的原則籌辦賽事，並在此基礎上成功舉辦東亞運，並不存在超支的情況。

        發言人又指，推行東亞運傳承項目的款項，來自東亞運公司在運動會完結後才收到的一筆1000萬元贊助，跟政府發放給東亞運公司的撥款是有清楚區分的，把上述來自捐贈及未撥用的1000萬元款項捐予兩個運動員基金作東亞運傳承項目，以支援運動員的學習和就業需要，符合東亞運公司的章程和目標，以及東亞運推動體育的宗旨，且不涉及公帑，是合法、合情和合理的安排。