在台灣，就世界衛生組織（WHO）內部文件矮化台灣，稱呼中華民國為「中國台灣省」一事，總統馬英九周二親自舉行記者會，嚴正抗議北京向世衛施壓，呼籲兩岸勿走回頭路，傷害台灣人民的感情。
馬英九下午在總統府親自召開記者會表示，已要求外交部向世衛提出強烈抗議，「我國絕對不能接受這種不公平、不合理、而且是表裏不一的方式」。他認為，世衛是一個崇高的國際機構，不能夠採取這樣不合身分的作法。
另外，馬英九也向北京當局表達嚴正抗議。他說，2008年就職演說當中曾明白指出，台灣要安全、要繁榮、更要尊嚴，唯有台灣在國際社會不被繼續孤立，兩岸關係才能穩健發展。這次發生的事件，「身為中華民國的總統，維護國家尊嚴、保衛台灣的安全、維護人民的權益，是我不可推卻的責任」。
他認為，世衛的做法顯然是受制於北京的壓力。過去3年，兩岸在共同努力能夠建立互信情況下，已有一些成果，必須珍惜，不要在這時候走回頭路。兩岸應累積互信、續創雙贏，「用這種方式來傷害台灣人民的感情，對兩岸都是極為不利，我們不能接受這樣的方式」。
代表國民黨競逐連任總統的馬英九同時向民進黨提出疑問，說民進黨執政8年「在國際舞台為台灣爭取到甚麼？」
他說，2005年民進黨執政時，世衛把台灣稱為「中國，台灣」，而且限制聯絡的窗口層級不能超過署長；但2009年他上任後，世衛給台灣的稱呼變成「台北」或「中華台北」。給予免簽證或落地簽證國家、地區增加到113個，增加了60個，「這是我們為台灣打拼，我們捍衛中華民國主權，維護台灣尊嚴所得到的成果」。
