美軍今次在巴基斯坦採取單獨軍事行動，格殺恐怖大亨拉登，除了凸顯巴基斯坦有包庇拉登之嫌外，也反映出美國對反恐盟友的不信任，以至令美國和巴基斯坦關係緊張。巴基斯坦軍方打破連日來的緘默，承認在拉登竟能匿藏在伊斯蘭堡市郊一間大屋多年一事上有不足之處，但同時向美國發出警告，揚言美方日後再進行類似的狙殺行動，則會重新考慮和巴國的反恐合作關係。

        面對連日來被指有包庇拉登之嫌，巴基斯坦軍方發表聲明，承認在蒐集拉登藏身巴基斯坦的情報方面有不足，但強調其情報局一直致力打擊恐怖分子，無論是否和美國中情局合作，巴方都拘捕或擊斃約1百名「基地」成員。

        聲明說，美國中情局根據巴國三軍情報局提供最初訊息，最終找到拉登下落。但美國並沒有與巴方進一步分享情報，這有違兩國情報部門的合作關係，巴國軍方已經下令就此展開調查。

        聲明又引述陸軍總司令卡亞尼將軍清楚表明，美方若再出現任何侵犯巴國主權的類似事件，巴方將有正當理由檢討與美國的軍事與情報合作關係。

        卡亞尼又召集陸軍各軍團司令到要塞城鎮拉瓦爾品第的總部，「告知將美國駐巴基斯坦軍事人員減少到最低數量的決定。

        此外，巴基斯坦總理吉拉尼在接受法國《世界報》專訪時說，巴基斯坦向美方提供了「基地」組織關鍵成員的訊息，這些訊息幫助美方最終追查到拉登的行蹤。巴基斯坦與美國是反恐夥伴，雙方對於擊殺拉登都作出了貢獻；沒有巴基斯坦的幫助，美國無法擊殺拉登。