美軍在巴基斯坦單獨行動殺死拉登後，兩國關係轉趨緊張。巴基斯坦警告，若美軍再進行類似攻擊行動，屬損害巴基斯坦主權，巴方將檢討兩國的軍事及情報合作。巴基斯坦陸軍參謀長與外長也警告，不要再發生美國突襲拉登這樣的軍事行動。

        巴基斯坦外長巴希爾說，巴基斯坦是在事後才被美國告知擊斃拉登的行動。

        巴基斯坦在獲悉襲擊後，命令兩架F-16戰鬥機緊急起飛。兩國之所以沒有發生衝突，是因為這兩架戰鬥機飛抵現場時，參與突襲的美方直升機早已回到阿富汗領空。

        對於美國未來在巴基斯坦發動任何襲擊將遭遇嚴重後果，一位美國官員回應，巴基斯坦應少花點時間抨擊美國，多花點時間清理其領土上的好戰分子。