在台灣，總統府經過兩年多的清查，發現扁政府時期內，總統府共計有3.6萬多件公文沒有歸檔。對此，國民黨立委邱毅表示，現在證明，陳水扁在下台前買了一堆碎紙機進總統府，就是為了湮滅證據。

        至於在失蹤的公文中，包含2.5萬多件的外交密抄，曾任外交部長的國民黨立委蔣孝嚴表示，不可思議，這些當然是必須歸檔的機密文件，如果外流，將會影響台灣與友邦間的關係。

        邱毅說，陳水扁在任內貪污洗錢無惡不作，現在證明當初買碎紙機進總統府，就是為了湮滅證據，民進黨竟然還與陳水扁臭味相投，說這是馬英九政府的政治迫害，總統府應該依照妨害國家機密的罪嫌，將陳水扁交由特偵組偵查起訴。

        至於在失蹤的文件中，有2.5萬件的外交密抄，曾任陳水扁總統辦公室主任的林德訓表示，不知何謂外交密抄，還說如果是「抄」，正本應該在外交部，不過蔣孝嚴強調外交密抄還是等同密件。

        蔣孝嚴並表示，這些外交密抄如果外流，恐怕將影響台灣與友邦間的關係。