台灣的馬英九總統出席海基會成立20周年慶祝大會時表示，兩岸互不承認「主權」，互不否認「治權」，也許是目前能夠解釋，並且實現兩岸和平發展對等交流最重要的基礎。

        馬英九認為，海基會設計的背後，有複雜而清楚的理論支持脈絡，如果缺乏這些支持與脈絡，兩岸關係就會像民進黨執政的8年期間，陷入停頓和不確定的狀態，台灣不應再走這樣的道路。

        他表示，海基會成立20周年，逐步落實過去理念，一方面在憲政的架構下，台灣終止動員戡亂時期，廢止動員戡亂時期臨時條款，不再把大陸視為叛亂集團，雖然無法承認大陸是一個主權國家，因為大陸仍然是在「憲法」第4條所規定的固有疆域。

        他說，「我們能做的，是在相互不承認主權的前提下，可以相互不否認治權」，這也是兩岸人民關係條例第2條，針對台灣地區所作的定義。