日本首相菅直人認為，釋放中國船長詹其雄是地方檢察官的充分判斷。

        菅直人表示，釋放中國船長詹其雄是地方檢察官經過充分判斷而作出的決定。他否認是受到政治壓力，又指日本與中國堅負重要的國際責任，又是鄰國，應該冷靜討論雙方分歧。

        內閣官房長官仙谷由人表示，沖繩縣那霸地方檢察部門決定釋放船長符合日本法律。他稱撞船事件對日中關係造成損害，呼籲兩國要再次共同努力，繼續建立戰略互惠關係。

        沖繩縣那霸地方檢察官早前解釋，相信詹其雄並非蓄意撞船，決定放人，但會保留起訴權利。他指，當局考慮到事件對日本國民與未來中日關係的影響，認為不適宜繼續扣押詹其雄。

        日本釋放詹其雄，但保留處分權。日本政府指釋放詹其雄是地方檢察廳獨自作出的決定，非關政治壓力，但在野自民黨指事件令日本丟臉。

        自民黨總裁谷垣禎一，對政府有關地檢單獨決定釋放的說明提出了強烈質疑。前自民黨首相安倍晉三形容這是「極愚蠢的決定」，顯示日本政壇向中國的壓力屈服。安倍說：「東南亞國家或正注視此事，危及國際海事規則以及日本國家利益。」

        日本在野黨認為釋放船長並非那霸地檢的決定，而是菅直人政府做出的「政治判斷」。

        日本執政黨表面上對政府的應對表示理解。民主黨幹事長岡田克也稱「應尊重那霸地方檢察廳的判斷」。但是，執政黨內也有人相繼提出了質疑和批評。國民新黨的政策調查會長龜井亞紀子認為「損害了國家利益」。

        另方面，民主黨眾議員松原仁等5名議員聯名發表抗議談話，主張「船長明顯違反了日本的法律。放棄繼續調查、釋放嫌疑人是踐踏我國法律，絕不能容忍」。