菲律賓警方在發生血腥大屠殺的康泰旅遊巴士上進行搜證後，在車廂內搜獲五十八顆已用過的子彈彈殼，全都由槍手門多薩發射的。當地傳媒引述警方文件指出，另有多達二十枚子彈是事發當晚發動進攻的特警隊員發射的。菲律賓司法部長德利馬周四早上表示，當局將會邀請私人專家出席聽證會，調查政府當局和個別人士在處理整宗人質事件中，是否有錯誤。

        菲律賓ABS-CBN電視台聲稱取得警方的文件，內容指特警部隊在事發當晚發射了多達二十發子彈，分別擊中旅遊巴士的檔風玻璃、司機位旁邊的玻璃窗、部分乘客所坐的位置附近的一隻玻璃窗、多個輪胎和接近巴士車門的一隻窗。

        當晚有份參與攻擊行動的警員和特警部隊隊員，已經交出他們的槍械，進行科學鑑證和彈道測試。調查人員現時正嘗試確定是否有人質被警察發射的子彈擊中，以致喪生或受傷。

        事發當天負責處理人質危機的行動指揮官馬格蒂比周三出席調查委員會的聽證會，宣誓作供。他對警方於當晚的行動失敗作出道歉。

        他說：「我對於有些人不必要地喪失生命，感到非常抱歉。我希望對死難者的家人致以慰問，我已經盡了最大努力。」

        慘劇發生後，先後有多名非官方的獨立私人專家公開炮轟政府和警方的處理手法。司法部長德利馬接受dzMM電台訪問時也表示：「在調查過程中，調查委員會有權使用各方面私人專家的服務。」

        她謂，委員會將會要求一位「公認的專家」提供協助，包括點出政府和警方的失誤，包括在與槍手進行談判期間的失誤。