小三通客運自2001年開通以來，福建省交通運輸廳指，截至2010年3月，小三通已運載旅客5419061人次。

        其中廈金航線4825431人次，兩馬航線351228人次，泉金航線235918人次，湄洲金門航線1346人次，湄洲馬祖航線491人次，馬祖寧德航線321人次，廈門澎湖航線4056人次。

        統計數據顯示，今年前3個月，福建沿海地區與戓台灣金門、馬祖、澎湖地區海上客運直航船公司累計運營3448航次，同比增加近12%，累計運送旅客312119人次， 不僅是小三通航班在不斷增加，福建沿海地區與戓台灣海上客運直航航班也日益增多。今年前3個月，福建沿海地區與戓台灣海上客運直航船公司共運營54航次，運送旅客4740人次。

        今年前3個月，福建沿海地區與戓台灣海上客運直航船公司累計運營3502航次，運送旅客316859人次。