在台灣，內閣改組備受關注，行政院長劉兆玄請辭獲准。總統府讚揚劉兆玄勤政愛民，任內建樹良多。另外，發言人宣布，國民黨副主席兼秘書長吳敦義獲馬英九委任為行政院長。桃園縣長朱立倫擔任行政院副院長。

        莫拉克風災，台灣死傷慘重，劉兆玄內閣遭批救災不力，產生內閣改組的聲浪，馬英九允諾9月中前進行內閣改組，結果於7日下午揭曉，行政院長劉兆玄請辭，已經獲馬英九批准。行政院本周四將進行內閣總辭。

        台灣總統府回應表示，總統馬英九高度肯定及感謝劉兆玄的工作，讚揚劉兆玄勤政愛民，在任內建樹良多。另外，發言人宣布，吳敦義獲馬英九委任為行政院長。桃園縣長朱立倫擔任行政院副院長。

        劉兆玄親自召開記者會對外宣布，他身為行政院長應該承擔，八月向總統馬英九請辭，即使馬英九極力慰留，但他去意堅定。劉兆玄表示，昨晚與馬英九深談後，馬英九終於准辭。

        劉兆玄說，他帶領相關首長進駐災區，發放慰助金，把安置工作做好後，目前階段性任務已經完成，現在是離開的時候，他說，「所有政治責任由我一肩挑起，而總統已經同意。」

        劉兆玄表示，此次水災死亡及失蹤人數多達七百多人，應有人負政治責任，他向總統多次請辭，終獲同意。將於周四行政院會中提出總辭。

        不過劉兆玄表示，仍相當擔心行政團隊救災重建進度，風災後，宗教、民間團體投入甚多，他代表政府向他們表達感謝之意。

        最後，劉兆玄道出他心中的盼望「天佑台灣人民」。

        劉兆玄曾說過，希望自己的下台是獲得掌聲的劉兆玄，這次一肩扛起風災的政治責任，他一再強調上任1年多來，面對國際油價高漲、金融海嘯等危機，他所帶領的內閣團隊屢屢化危機為轉機。這次面對莫拉克風災，他選擇帶領內閣總辭，顯然有著棄車保帥，棄自己保住馬英九，化危機為轉機的意含。